多宝丸・母親・育ての親(父親のような存在)の3人が炎につつまれて死亡したと思われる。
ただし、ハッキリと死んだところや、遺体のシーンがなかったので、もしかしたら。。。もしかしたら生きているのかもしれない。
ほんの少しですが、そういった曖昧さが2期を匂わせていますね。
最後に百鬼丸と、どろろが分かれて数年がたち、どろろが女性らしい顔つきになっているシーンが映ったので、いち視聴者としてはその後の再会するストーリーが気になるところです。
しかしながら、原作未完ということと(原作を読んだことはありませんが)、全体的に見ても、当初の物語(旅)の目的が一段落ついたので、1期で終わりだと思われます。